سند اوقافی به مالک اختیار کامل نمی‌دهد و علاوه بر اقساطی که به صورت سالیانه به اداره‌ی اوقاف پرداخت می‌شود و بعد از ۹۹ سال دربار‌ه‌ی اجاره‌ی مجدد ملک اوقافی تصمیم‌گیری خواهد شد، برای هر کاری از جمله نقل و انتقال باید اجازه‌ی اوقاف داشته باشید. در واقع یکی از تفاوت‌های این سند با سند ملکی این است که نه تنها بدون مجوز امکان خرید و فروش ندارد، بلکه درباره‌ی هر گونه تغییری در املاک اوقافی باید چندین مرحله با حضور در اداره اوقاف پیموده شود.
املاکی که سند اوقافی دارند دارای سند اعیان (ساختمان) و اجاره نامه عرصه (زمین) ملک موقوفه هستند و در واقع خریدار حق مالکیتی روی عرصه ندارد و تنها مالک اعیان خواهد بود.